Πολλοί είναι οι λόγοι που μπορεί να πυροδοτήσουν ένα πονοκέφαλο, όλοι όμως οφείλονται σε διαταραχή της ηλεκτρικής δραστηριότητας στον εγκέφαλο.

Όταν ο πονοκέφαλος είναι περιστασιακός, σπάνια αποτελεί σημάδι ότι κάτι δεν πάει καλά. Οι επαναλαμβανόμενοι πονοκέφαλοι όμως, δεν είναι φυσιολογικοί και συνήθως προκαλούνται από ημικρανία.