Το 1956 εισέρχεται στο Ωδείο Αθηνών για θεωρητικά στην τάξη του συνθέτη Γεωργίου Σκλάβου και βιολί στην τάξη του Joseph Bustidui. Την ίδια εποχή εισάγεται στο Πάντειο πανεπιστήμιο για κοινωνικές και φιλοσοφικές σπουδές. Παράλληλα συνθέτει για το Εθνικό θέατρο και τον κινηματογράφο. Σε ηλικία 24 χρονών βραβεύεται (από το Φεστιβάλ κινηματογράφου Θεσσαλονίκης) για την μουσική του στην ταινία Μικρές Αφροδίτες του Νίκου Κούνδουρου. Τον ίδιο χρόνο ανεβαίνουν τα μουσικά του έργα Θησέας (χορόδραμα), Χιροσίμα (σουίτα μπαλέτου) από νέα χορευτικά σύνολα. Η επιτυχία που γνωρίζουν από νωρίς η μουσική και τα τραγούδια του οφείλεται στο φυσικό του χάρισμα να συνθέτει πρωτότυπες μελωδίες υψηλής ποιότητας και πρωτόγνωρα ρυθμικά σχήματα. Το 1959 συνθέτει τα Τρία σκίτσα για χορό που ηχογραφούνται και μεταδίδονται από την τότε συμφωνική ορχήστρα της ΕΙΡ.

Το 1967 επιβάλλεται στην Ελλάδα δικτατορία. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος αναχωρεί για το Λονδίνο. Εμπλουτίζει τις μουσικές του γνώσεις με την Αγγλίδα συνθέτρια Elisabeth Lutyens, ενώ η φιλία του με τον συνθέτη Γιάννη Χρήστου και η γνωριμία του με τον Ιάννη Ξενάκη θα διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στη βαθύτερη γνωριμία του με τις πλέον πρωτοποριακές μουσικές μορφές. Στο Λονδίνο συνθέτει την κοσμική καντάτα Ήλιος ο πρώτος σε ποίηση Οδυσσέα Ελύτη, τη μουσική για τη Λυσιστράτη του Αριστοφάνη (για το Θέατρο Τέχνης), ολοκληρώνει το Χρονικό και τη μουσική τελετή Ιδού ο Νυμφίος, έργο ανέκδοτο με εξαίρεση ενός τμήματος, με τίτλο Ζάβαρα-κάτρα-νέμια (ιδιαίτερη σύνθεση διονυσιακού χαρακτήρα) που αποτελεί ένα από τα διάσημα κομμάτια του. Συνθέτει τα έργα: Χρησμοί για συμφωνική ορχήστρα και Πυρρίχιοι χοροί Α, Β, Γ, (από τους 24 χορούς που ολοκλήρωσε το 2000) που παίζονται το 1968 από την ορχήστρα Concertante του Λονδίνου στο Queen Elizabeth Hall. Ο κριτικός της Daily Telegraph D.A.W.M. υποδέχεται τον συνθέτη, σημειώνοντας ότι «το αρχαίο άρωμα της Ελλάδος δεν χάθηκε». Την ίδια χρονιά του αναθέτουν τη μουσική στην Τρικυμία του Σαίξπηρ, που ανεβάζει το Εθνικό Θέατρο της Αγγλίας, σε σκηνοθεσία David Jones με τον Sir John Clemens.

Το 1969 επιστρέφει στην Αθήνα για να συμβάλει με τα έργα του στην πορεία για την αποκατάσταση της Δημοκρατίας. Ξεκινά μουσικές παραστάσεις, συνεργαζόμενος με ποιητές και σκηνοθέτες, παρουσιάζοντας τα έργα του στο στούντιο Λήδρα με νέους τραγουδιστές και μουσικούς στους οποίους δίδαξε τον τρόπο της ερμηνείας της μουσικής και των τραγουδιών του στην αισθητική κατεύθυνση που επιζητούσε. Μαζί με τα θεατρικά στιγμιότυπα και τον εικαστικό διάκοσμο δημιούργησε μια πολύτροπη μουσική παράσταση. Διανοούμενοι και φοιτητές γεμίζουν καθημερινά τον χώρο της δραστηριότητας του, παρά τα εμπόδια και τις επεμβάσεις της στρατιωτικής εξουσίας. Τα τραγούδια του μπαίνουν στο στόμα του ελληνικού λαού και συμβάλουν αποφασιστικά στο αίτημα για αποκατάσταση της Δημοκρατίας. 

Μουσικά έργα – και κύκλοι τραγουδιών αυτής της περιόδου Ήλιος ο πρώτος, Χρονικό Ιθαγένεια, Θητεία, Ο Στράτης ο θαλασσινός ανάμεσα στους Αγάπανθους, Ανεξάρτητα, Μετανάστες, Θεσσαλικός κύκλος. Σημαντικό ρόλο παίζουν και τα Ριζίτικα σε διασκευή, ενορχήστρωση και αισθητική αναμόρφωση από τον Γιάννη Μαρκόπουλο, έργο με παραδοσιακά τραγούδια της Κρήτης συν δύο νέες οργανικές συνθέσεις του (βραβείο της Γαλλικής Ακαδημίας Σαρλ Κρος). Για το λιμπρέτο ο συνθέτης επέλεξε 9 τραγούδια, έτσι ώστε να αποτελέσουν ενιαία μορφή διήγησης. Ιδιαίτερα το «Πότε θα κάνει ξαστεριά» βάσει του σχεδίου του, ένωσε τις φωνές διαμαρτυρίας των φοιτητών.

Το 1976 συνθέτει τη μουσική για την τηλεοπτική σειρά του ΒΒC, Who Pays the Ferryman και το μουσικό θέμα φτάνει στη κορυφή των αγγλικών charts. Ο συνθέτης γίνεται διεθνώς γνωστός. 

Το 1977 έρχεται η κοσμική λειτουργία Oι Ελεύθεροι Πολιορκημένοι με βάση το ποίημα του εθνικού μας ποιητή Διονυσίου Σολωμού που παρουσιάζεται την ίδια χρονιά ενώπιον 22.000 νέων σε στάδιο της Αθήνας υπό την διεύθυνση του συνθέτη. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος με το έργο του και τη στάση του σηματοδοτεί το εξαίσιο μουσικό τοπίο της δεκαετίας του ’70.

Η δημοτικότητα την οποία απολαμβάνει η μουσική του και στο εξωτερικό εκφράζεται με πολλές μετακλήσεις για συναυλίες. Ο συνθέτης πραγματοποιεί αλλεπάλληλα ταξίδια ανά τον κόσμο. Επισκέπτεται διαδοχικά, δίνοντας συναυλίες με τα έργα του, τις ΗΠΑ, τον Καναδά, τη Σουηδία, την Ολλανδία, την Ιταλία, τη Γαλλία, τη Γερμανία, το Βέλγιο, την Αγγλία καθώς και διάφορες πόλεις της Ρωσίας και της Αυστραλίας.

Στην καλλιτεχνική του παραγωγή συμπεριλαμβάνεται μουσική για το θέατρο και τον κινηματογράφο, σε έργα του Ευριπίδη, του Αριστοφάνη, του Μενάνδρου, του Σαίξπηρ, του Τσέχωφ, του Μπέκετ και σύγχρονων Ελλήνων, με το Εθνικό Θέατρο, το Θέατρο Τέχνης του Καρόλου Κουν, το Αμφιθέατρο του Σπύρου Ευαγγελάτου και με τους σκηνοθέτες Αλέξη Σολωμό, Πέλλο Κατσέλη, Μίνωα Βολονάκη, κ.ά. Ανάμεσα στις ταινίες: Vortex και Byron του Κούνδουρου, Κραυγή γυναικών και Πρόβα του Jules Dassin, Beloved του G. Cosmatos, Φόβος του Κώστα Μανουσάκη, Επιχείρηση Απόλλων του Γ. Σκαλενάκη, Η Μοίρα ενός αθώου του Γρηγόρη Γρηγορίου (βραβείο μουσικής Φεστιβάλ κινηματογράφου Θεσσαλονίκης). 

Το 1980 ξεκινά την προετοιμασία για το άνοιγμα ενός νέου κεφαλαίου στη μουσική του. Στον κορμό των νέων συνθέσεών του εμφανίζονται μελωδικά ξεσπάσματα στηριγμένα στην εκτεταμένη πολυτονικότητα της αρμονικής του δομής, που ενισχύονται από το πάθος μιας ανεξάντλητης ζωτικότητας. Από τα έργα ενόργανης μουσικής σημειώνουμε: Κονσέρτο-Ραψωδία για λύρα και ορχήστρα, τα Μητρώα (για ορχήστρα εγχόρδων), τις Τετράδες (5 κουαρτέτα), δύο σονάτες, Πέντε κομμάτια για βιολί και πιάνο, τις Σειρήνες (ορατόριο), τον κύκλο τραγουδιών Φίλοι που φεύγουν σε ποίηση Νίκου Καρούζου, Μανώλη Αναγνωστάκη, Ανδρέα Εμπειρίκου, τα 5 Στάσιμα - Επί Σκηνής, σε ποίηση Γιώργου Σεφέρη.

Το 1983 του ανατίθεται ο σχεδιασμός του τελετουργικού της έναρξης των Πανευρωπαϊκών Αγώνων στην Αθήνα. Συνθέτει τον ύμνο Ειρήνη που μεταδίδεται τηλεοπτικά σε πολλές χώρες του κόσμου. 

Το 1994 εκδίδεται ένα από τα πιο σημαντικά του έργα, η Λειτουργία του Ορφέα. Παρουσιάζεται στο Palais des Beaux-Arts των Βρυξελλών αφιερωμένη στον επαναπροσδιορισμό του ανθρώπου με την φύση, εγκαινιάζοντας μια νέα σχέση κοινού και συναυλιακής παράστασης, ενώ ταυτόχρονα παρουσιάζεται έκθεση κεραμικής, ζωγραφικής και χειροτεχνίας, υπό την αιγίδα του Βελγικού Υπουργείου πολιτισμού με τίτλο «Από το σκοτάδι στο φως» - υπότιτλο που χρησιμοποιούσε ο συνθέτης στις ζωντανές παρουσιάσεις του Ορφέα. Η έκδοση του έργου το 2009 από την Εταιρία Naxos, αποτέλεσε σπουδαίο μουσικό γεγονός σε παγκόσμιο επίπεδο. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος ξεκίνησε να συνθέτει τη Λειτουργία του Ορφέα, σε μορφή σύγχρονου ορατορίου από το 1991 και το έργο δομήθηκε στη βάση των διασωθέντων αρχαίων ορφικών ποιημάτων. Για το λιμπρέτο επέλεξε φράσεις, ακόμα και μεμονωμένες λέξεις από τα θραύσματα των ποιημάτων. Το πνευματικό της περιεχόμενο, εμπλουτισμένο με πολλά στοιχεία αναζωογονεί το μύθο του προφήτη μουσικού Ορφέα. Στη συμφωνική ορχήστρα πρόσθεσε στην παρτιτούρα του σε ορισμένα μέρη κιθάρα, λαούτο, κανονάκι και λύρα. Τα αφηγηματικά μέρη συνοδεύονται κυρίως από άρπα, καθώς η πρόθεση του συνθέτη εδώ είναι η δημιουργία μίας ραψωδικής διάθεσης, ενώ σε κάποια σημεία δύο φλάουτα παίζουν μαζί ως μια νύξη στον αρχαίο δίαυλο όπως έχει αναφέρει. 

Ανάμεσα στα έργα που ακολουθούν εξέχουσα θέση κατέχουν:

Το έργο σκηνής, Ανα-γέννηση-Κρήτη ανάμεσα σε Βενετιά και Πόλη, (μουσικό ταξίδι σε 4 ενότητες) παραγγελία του Μέγαρου Μουσικής Αθηνών που ανέβηκε στην αίθουσα Φίλων της Μουσικής σε τρεις παραστάσεις το 1995 και στη συνέχεια το 1997 από το θέατρο Palais des Beaux-Arts με τα συμφωνικά σύνολα της Ραδιοφωνίας των Βρυξελλών και σολίστ, υπό την διεύθυνση του συνθέτη και απευθείας μετάδοση από το πρώτο τηλεοπτικό κανάλι της Βελγικής τηλεόρασης.

Η όπερα Ερωτόκριτος και Αρετή, λιμπρέτο του συνθέτη βασισμένο σε επιλογή στίχων από το ερωτικό έπος του Βιτσέντζου Κορνάρου Eρωτόκριτος της Κρητικής Αναγέννησης, που ηχογραφήθηκε από τα συμφωνικά σύνολα της Ραδιοφωνίας των Βρυξελλών υπό την διεύθυνση του μαέστρου Michel Tilkin (έκδοση από την Εταιρία Universal), το κονσέρτο για πιάνο Σχήματα σε κίνηση (Shapes in Motion) εμπνεόμενο ιδιαίτερα από την θεωρία σχετικά με την αρμονία των σφαιρών που αποδίδεται στον Πυθαγόρα, καθώς και από την σημερινή συνεχώς αυξανόμενη αντίληψη περί των ήχων του Σύμπαντος που ηχογραφήθηκε από την Συμφωνική Ορχήστρα της όπερας της Γάνδης υπό την διεύθυνση του Edwig Abrath (έκδοση από την Εταιρία Naxos), το Τρίπτυχο για φλάουτο έγχορδα και άρπα και τα Ευήλια τοπία (φαντασία για σόλο φλάουτο) που ηχογραφήθηκε από τους σολίστες των Βρυξελλών και τον βιρτουόζο φλαουτίστα Marc Grauwels (έκδοση από την Naxos), οι 16 Πυρρίχιοι συμφωνικοί χοροί 1980-2001, η Συμφωνία της Ίασης (2000) για φωνές μεικτή χορωδία, αφηγήτρια και συμφωνική ορχήστρα (παραγγελία του Ιδρύματος Ερρίκος Ντυνάν για την Παγκόσμια Ημέρα του Ερυθρού Σταυρού), Ο Ταχύτατος Λούης (2004) για φωνές μεικτή χορωδία και συμφωνική ορχήστρα, για τον πρώτο Ολυμπιονίκη Μαραθωνοδρόμο Σπύρο Λούη, παραγγελία του Δήμου Αμαρουσίου, Ο Νόμος της Θαλπωρής ορατόριο-μουσικό θέαμα για φωνές, μεικτή χορωδία, ορχήστρα ξύλινων και χάλκινων πνευστών, χορό και προβολή διαφανειών, με θέμα τον άνθρωπο που από την εποχή της συνειδητής ύπαρξής του στη γη, φυσώντας με την εκπνοή του, παράγει ήχους, τραγούδι, μουσική, που παρουσιάστηκε στη Bruges του Βελγίου, υπό την διεύθυνση του συνθέτη (παραγγελία της Περιφέρειας της Φλάνδρας, υπό την αιγίδα της Βελγικής κυβέρνησης), Ερωτική συμφωνία (2010) για συμφωνική ορχήστρα, υψίφωνο και μεικτή χορωδία που παρουσιάστηκε από το Μέγαρο Μουσικής Αθηνών με τα συμφωνικά σύνολα του Δήμου Αθηναίων, Κονσέρτο για Νέι και συμφωνική ορχήστρα (2014) που παρουσιάστηκε στο Ηρώδειο με την ορχήστρα Παλίντονος αρμονία  υπό την διεύθυνση του μαέστρου Τάσου Συμεωνίδη, Τρίπτυχο για βιολί και συμφωνική ορχήστρα (2019- 2020). 

Με την έναρξη της δεκαετίας του 70, ο συνθέτης Γιάννης Μαρκόπουλος υλοποιεί το μουσικό του όραμα καταθέτοντας μουσικά έργα που αποτελούν ακρογωνιαίο λίθο του σύγχρονου νεοελληνικού πολιτισμού. Αναζητώντας φιλοσοφικά την βαθύτερη ενότητα του ανθρώπου με το φυσικό και κοινωνικό του περιβάλλον, συνθέτει μουσικά έργα που αποτελούν νέα πρόταση και τομή μέσα στο σύνολο της ελληνικής μουσικής. Πρόκειται για δημιουργίες με ενότητα της αισθητικής και της φιλοσοφικής άποψης του συνθέτη ως προς τις θεμελιακές αρχές τους με την καθεμία όμως από αυτές να είναι διαφορετικές.

Ίδρυσε ένα νέο και ιδιόμορφο ορχηστικό σχήμα όπου συνδυάζονται τα όργανα της συμφωνικής ορχήστρας με τα ελληνικά παραδοσιακά όργανα. Το ονόμασε Παλίντονος Αρμονία (επωνυμία που προέρχεται από τη φράση του Ηράκλειτου: παλίντονος γ?ρ ?ρμονίη κόσμου ?κωσπερ λύρης κα? τόξου), καθιερώνοντας με τις συνθέσεις του την ουσία της μουσικής συμβίωσης και τους συσχετισμούς έκφρασης μεταξύ συμφωνικών και τοπικών οργάνων, μέσω του μελωδικού και ρυθμικού του ορίζοντα, των αρμονικών δομών και των ηχοχρωμάτων της ενορχήστρωσης που χαρακτηρίζουν το προσωπικό του ύφος. 

Πρότεινε την «Επιστροφή στις Ρίζες», εννοώντας τον «σχεδιασμό του μέλλοντος, με ενδοσκόπηση, μελέτη και πλησίασμα των άφθαρτων πηγών της ζωντανής παράδοσης του κόσμου σε συνδυασμό με επιλεγμένες σύγχρονες πληροφορίες τέχνης». Η πρότασή του αυτή έλαβε τις διαστάσεις ενός κινήματος τέχνης που ξεπέρασε τα όρια της Ελλάδας. Οι παράμετροι αυτού του μουσικού κινήματος στήριζαν παράλληλα τις φιλοσοφικές του απόψεις που συνδυάζονταν με τις κοινωνικές προτάσεις για τη ζωή και την τέχνη.

Τα έργα που συνέθεσε ο Γιάννης Μαρκόπουλος περιλαμβάνουν συμφωνικά έργα με φωνές, όπερα - έργα σκηνής, μουσική για χορό, έργα για συμφωνική ορχήστρα - ορχήστρα εγχόρδων - ενόργανα σύνολα, κονσέρτα, έργα μουσικής δωματίου, έργα για πιάνο και σόλο όργανα, κύκλους τραγουδιών, σειρές τραγουδιών - τραγούδια, χορωδιακά έργα και μουσική  για το θέατρο και τον κινηματογράφο.