Ωστόσο, κατά το υπόλοιπο μέρος των δαπανών το ΔΕΕ επικυρώνει την επίμαχη απόφαση της Κομισιόν,  καθώς εκτιμά ότι το τελευταίο δεν προέβη σε εσφαλμένη ερμηνεία και εφαρμογή της ευρωπαϊκής νομοθεσίας, ούτε παρέβη την υποχρέωση αιτιολόγησης.

Συγκεκριμένα, ως προς τη δημοσιονομική διόρθωση 25 % που εφαρμόστηκε στις στρεμματικές ενισχύσεις για τους βοσκότοπους κρίνει πως το ΓΔΕΕ υπέπεσε σε πλάνη περί το δίκαιο κατά την ερμηνεία και την εφαρμογή της έννοιας του «μόνιμου βοσκότοπου».

Όσον αφορά τη δημοσιονομική διόρθωση ύψους 5 % η οποία εφαρμόστηκε για τις αδυναμίες στο σύστημα αναγνώρισης των αγροτεμαχίων για το έτος υποβολής αιτήσεων 2009, το ΔΕΕ εκτιμά ότι το ΓΔΕΕ δεν παραβίασε την αρχή της αναλογικότητας και η απόφασή του είναι ορθώς και επαρκώς αιτιολογημένη.

Έπειτα σχετικά με τη δημοσιονομική διόρθωση ύψους 2 % λόγω αναποτελεσματικότητας της ανάλυσης κινδύνων για το έτος υποβολής αιτήσεων 2010, το ΔΕΕ επισημαίνει ότι το ΓΔΕΕ δεν έθιξε το δικαίωμα αποτελεσματικής δικαστικής προστασίας της Ελλάδα

Συναφώς, το Δικαστήριο αναιρεί την απόφαση του ΓΔΕΕ κατά το μέρος που απέρριψε την προσφυγή της Ελλάδας για την ακύρωση της εκτελεστικής απόφασης 2015/1119 της Κομισιόν ως προς την κατ’ αποκοπήν διόρθωση ύψους 25 %, για τον αποκλεισμό από τη χρηματοδότηση της ΕΕ ορισμένων δαπανών στο πλαίσιο του ΕΓΤΕ και στο πλαίσιο του ΕΓΤΑΑ, για τα έτη υποβολής αιτήσεων 2009 έως 2011, λόγω αδυναμιών κατά τον ορισμό και τον έλεγχο των μονίμων βοσκοτόπων.