Κατά τη διάρκεια της εμφάνισής της στην εκπομπή Today, η 55χρονη ηθοποιός μίλησε για την επιστροφή της στα γυρίσματα στο The X-Files μόλις 10 ημέρες μετά τη γέννηση του μεγαλύτερου παιδιού της, της κόρης της Piper, το 1994. Η Anderson έχει την Piper με τον σχεδιαστή παραγωγής Clyde Klotz και είναι επίσης μητέρα δύο γιων, του Oscar, 15 ετών, και του Felix, 17 ετών, με τον πρώην σύζυγό της Mark Griffiths.