Αναγορεύθηκε Διδάκτωρ Νομικής του Πανεπιστημίου των Βρυξελλών και το 1982 εξελέγη καθηγητής στη Νομική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και διδάσκει έκτοτε τα μαθήματα του Συνταγματικού Δικαίου και της Πολιτειολογίας.

Διετέλεσε Κοσμήτορας της Σχολής Νομικών και Οικονομικών Επιστημών και τo 2007 τιμήθηκε από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας με το Βραβείο εξαίρετης πανεπιστημιακής διδασκαλίας που απονέμεται στη μνήμη «Ξανθόπουλου-Πνευματικού», και τελεί υπό την αιγίδα του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.

Άσκησε καθήκοντα Αναπληρωτή Προέδρου του Εθνικού Συμβουλίου Ραδιοτηλεόρασης στο διάστημα 1997-1999 και είναι πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου.

Ο Αντώνης Μανιτάκης διεύθυνε επί μία οκταετία από το 1996 έως το 2004 το διμηνιαίο περιοδικό «Σύνταγμα» και είναι πρόεδρος του πανεπιστημιακού Ομίλου συνταγματολόγων «Αριστόβουλος Μάνεσης», από την ίδρυσή του μέχρι σήμερα.

Έχει συγγράψει και δημοσιεύσει μαζί με τη διδακτορική του διατριβή, 16 Μονογραφίες και 123 πρωτότυπες μελέτες στην ελληνική και γαλλική γλώσσα.

Είναι επιμελητής 7 συλλογικών τόμων και διευθύνει επιστημονική σειρά στο εκδοτικό οίκο Σάκκουλα, Αθήνα-Θεσσαλονίκη, στην οποία έχουν εκδοθεί μέχρι σήμερα 16 τόμοι, στους οποίους περιλαμβάνονται διδακτορικές διατριβές και άλλες πρωτότυπες μονογραφίες.

Δημοσιεύει τακτικά άρθρα και σχόλια στον ημερήσιο και περιοδικό, έντυπο και ηλεκτρονικό, τύπο και παρεμβαίνει στα δημόσια πράγματα διατυπώνοντας τη γνώμη του σε ζητήματα του πολιτικού και πολιτειακού βίου, ιδίως συνταγματικού περιεχομένου.

Υπήρξε επισκέπτης Καθηγητής στα Πανεπιστήμια: Montpellier, 1987 (France), Paris X, 1989,Rome "La Sapienza" (Italy), 1994, Nantes, 2002 και Visiting research fellow in Princeton University, 1998-99. Δίδαξε από το 2004 έως το 2010 στα θερινά σεμινάρια της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου των Μονπελιέ (Montpellier) σε θέματα Ευρωπαϊκού Συνταγματικού Δικαίου.