Οι αλλεργίες και τα αυτοάνοσα νοσήματα είναι και οι δύο καταστάσεις που προκύπτουν από μια διαταραχή του ανοσοποιητικού συστήματος.
Στην περίπτωση της αυτοανοσίας, παρατηρείται μία υπερβολική αντίδραση σε κάποιο αυτοαντιγόνο, ενώ στην περίπτωση της αλλεργίας παρατηρείται μία ακατάλληλη απάντηση σε κάποιο περιβαλλοντολογικό αντιγόνο, όπως για παράδειγμα η γύρη ή το τρίχωμα γάτας.
Μια ομοιότητα στις οδούς ανάπτυξης μεταξύ αλλεργιών και αυτοάνοσων νοσημάτων είναι η εμπλοκή των ανοσοκυττάρων στην ανοσολογική απόκριση.